为了确认身中阳长阴消的程度与周期，丹家又借用了周易四正卦、八卦、十二消息卦及六十卦的卦爻变化作为规范。根据修炼程度的高低，火候又分小周天火候与大周天火候，小周天谓子午周天，大周天谓卯酉周天。小周天运转河车，循行任督，用二田返复。大周天则一意规中，注重温养，氤氲于二田之间。 

     关于修炼的阶次，各家体验有差，下手处也各异，就可以公开传授的清净丹法而论，可分为筑基、炼精化气、炼气化神、炼神还虚几个阶段。

    (1、筑基。丹家认为，人自婴儿长大成人，其精气神皆有所损亏，故须经筑基功夫，“炼神，调气，养精。达到三全才可以进入百日关”(《龙门丹诀》)。筑基以炼己为首要，即做到“万念俱泯，“灵独存”。

    初关一一炼精化气。为“有为”工夫。其过程包括采药、封固、炼药、止火四个阶段。因其运炼须三百无足，故称“百日关”。又依其搬运河车，行龙虎交媾，用子午周天火候，故又称“小周天工夫”。

    中关——炼气化神。是有为向尤为过渡工夫。具体过程包括六根震动、七日生大药、抽铅添汞守中、温养圣胎、移胎等。因其温养如十月怀胎，故称“十月关”。又依其行乾坤交媾，用卯酉大周天火候，故又称“大周天工夫”。

    上关——炼神还虚。为“无为”工夫。其具体过程包括乳哺、温养、出神，还虚等。因其过程如同达摩九年面壁，故称为“九年关”。

    在以上三关之外，《性命圭旨》等还主张“炼虚合道”工夫，认为“体太虚之体以为体，便是有个太虚在”而滞着于体，故须连“虚心空”也予以粉碎，“方为了当”。内丹学在唐宋以后对中国思想文化的影响是巨大的 ，它已成为中国传统文化中颇具特色的一部分。

    在中国哲学史上，先秦之后曾兴起玄学、佛学、理学、内丹学四大思潮，内丹学影响了宋明以来学者的思维方式和行为模式。开掘内丹修炼中丰富而精深的思想内容，对生命科学、人体科学、医学及思维科学等学科的发展，均有不容忽视的理论价值。