宣扬“饿死事极小，失节事极大”，宣扬“存理灭欲”，使古代有关“性”的学术遭到压抑和排斥。自《五代史》、《宋史》以后，史志中几乎再难看到房中术著作。不过，尽管如此，但在某些综合性医学著作和道家著作中，如南宋张杲的《医说》陈自明的《妇人良方》等亦有若干房中术的引述或辑录，但创新思想不多。北宋科学家沈括在《沈存中良方》中记载了“秋石”及提炼方法，这是世界上最早的关于提炼纯净性激素的记载。
金元时期，一方面继续受理学思想束缚，而另一方面帝王（如元顺帝）酷爱淫乐，臣下竟相引荐西域房中术家（其双修法等性技巧与中国传统房中术主旨似有不同），以邀宠，追求淫荡的房中术，从而促使人们对中国传统房中术更加误解和歧视，极大地阻滞了古代房中术的继承发展。但金元时期在研究养生总则和某些病证诊断及防治方药的同时，也多少丰富了性养生和性疾患的诊治知识。
从明初至清亡的五百多年间，中国传统涉性学术的发展处于徘徊阶段，但由于明清时期学术思想仍较活跃，中国传统涉性医学在前人拓展的基础上得以曲折发展。如张景岳所著的《妇人规》中提出男女性和谐和孕育成败的“十机”（合机、畏机、会机、生机、气机、情机、病机、动机、时机、失机）。此时期，中国性文化（性文学），如言情小说、*小说、春宫画册等在统治阶段纵欲荒淫、社会风气奢侈淫逸，以及进步思潮的摇旗呐喊三相扭结之下，有所发展：汤显祖著《牡丹亭》歌颂热烈的性爱活动，突破了发乎情而止于礼义的柏拉图式的爱情；《金瓶梅》对性行为的描写可谓集大成；还有《红楼梦》、《西厢记》及《肉蒲团》等书，有的成为名著流传，有的被定为禁书封毁。
总的说来，包括房中术在内的古代涉性学术，此时更为社会所误解而被视为诲淫邪说遭到歧视和排斥。但是对人性给予充分肯定的思想家仍然存在。戴震在《原善卷上》中疾呼：“人欲即天理”，大胆向伪善的理学反击，认为“后儒以理杀人”和“酷吏以法杀人”一样残暴。清代学士纪昀在他所作《阅微草堂笔记》中对道学家做了直接抨击和讽刺，这类文章有20余篇，对性事给以了充分的肯定。
19世纪，英国维多利亚主义占统治地位，复古守旧之风蔓延欧洲，中国也不例外。中国学士汪士铎提倡：“妇女不嫁不育”，鼓励溺杀女婴，严禁寡妇再嫁及再育，违者处决，非富人不得娶妻等一系列的灭欲主张，得到曾田藩的尝识。在美国性教育正式开始的1891年（该年美国出版性教育书籍颇多）之后，中国也从西方引进新的观点。1895年中国康有为极力主张妇女解放，男女平等。他说：“人生而存欲，天之性也”，痛斥强迫寡妇守节的四大弊端。1903年间，叶德辉又将《医心方》、《玉房秘决》、《玉房指要》、《洞玄子》等书中的房中术文章刻入《双梅景暗丛书》中。清末沉闷的政治大气候，也预示着中国政治和文化的转机。
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